BM719 - Introdução à Análise de Bioimagens - 1S/2024 Imprimir

Ementa:

• PROGRAMA:

• Bioimagens são um conjunto de técnicas que visam capturar eventos biológicos em imagens de forma minimamente invasiva ou destrutiva. Atualmente projetos que envolvam bioimagens podem gerar uma grande quantidade de dados que, dificilmente, podem ser analisados manualmente.

• Esta disciplina será uma introdução ao tema de análise de bioimagens, ou seja, uso de ferramentas computacionais na identificação de objetos e padrões nas imagens. Com isso as imagens biológicas serão entendidas como fontes primárias de dados.

• Iniciaremos com conceitos de imagens e lógica de análises iniciais para extração de dados. Todos os softwares utilizados são gratuitos e de código aberto. A maioria pode ser utilizado sem necessidade de programação. Ferramentas mais avançadas, baseadas em inteligência artificial, também serão apresentadas.

• O curso será dividido em parte teórica (2h) e prática (2h), no formato “hands on”. É esperado que os alunos tragam seus computadores para práticas. Serão fornecidos conjuntos de imagens de domínio público, mas os alunos também poderão utilizar seus próprios dados.

• Objetivos:

• Introdução a conceitos de imagens biológicas

• Apresentação da lógica de análise de imagens (histograma, filtros)

• Conceitos de segmentação de objetos (filtros morfológicos, etc.)

• Apresentação e utilização de diversas ferramentas computacionais para análise de bioimagens, que não exigem conhecimento de programação (Imagej, Icy, Ilastik, CellProfiler, etc.)

• Discussão de interpretação dos dados extraídos das imagens: Quais testes estatísticos escolher e porque?

• Formação de comunidade científica crítica em análises e interpretação de dados de imagens biológicas

• Método de avaliação de desempenho do aluno:

• Avaliação da participação em sala de aula, do rendimento e comprometimento nas execuções das atividades propostas.

CRONOGRAMA:

• Apresentação da disciplina

• Introdução sobre análises de imagens biológicas

• Principais métodos de extração de dados das imagens

• Apresentação de ferramentas computacionais

• Prática de extração de dados das imagens com as ferramentas apresentadas

• Análise estatística dos dados

Bibliografia:

• Miura, K. 2016. Bioimage Data Anlysis. Wiley-VCH. ISBN: 978-3-527-34122- 1 . 272 p. Disponível gratuitamente: https://analyticalscience.wiley.com/do/10.1002/was.00050003

• TORIWAKI, Junichiro; YOSHIDA, Hiroyuki. Fundamentals of three-dimensional digital image processing. Springer Science & Business Media, 2009.

• Eliceiri, et al. (2012). Biological imaging software tools. Nature Methods, 9(7), 697–710. https://doi.org/10.1038/nmeth.2084

• Meijering, E., Carpenter, A., Peng, H. et al. Imagining the future of bioimage analysis. Nat Biotechnol 34, 1250–1255 (2016). https://doi.org/10.1038/nbt.3722

• Grande, J. C. (2012). Principles of Image Analysis. Metallography, Microstructure, and Analysis, 1(5), 227–243. https://doi.org/10.1007/s13632-012-0037-5

• Demais referências disponibilizadas no período de oferecimento da disciplina 

Ano de Catálogo: 2024

Créditos: 3