QP123 - Métodos Modernos de Caracterização Estrutural e Dinâmica de Proteínas - 2S/2018 Imprimir

Ementa:

Clonagem, expressão, purificação e caracterização espectroscópica de proteínas em solução. Identificação de proteínas, sequenciamento de peptídeos e caracterização de modificações por espectrometria de massas. Determinação de estruturas tridimensionais por espalhamento e difração de raio X e luz síncroton. Validação e deposição de estruturas. Métodos computacionais de caracterização estrutural e dinâmica de proteínas. Dinâmica molecular, modelagem por homologia, docking e desenho racional de drogras.

Bibliografia:

Módulo I:

-Molecular Cell Biology. H. Lodish et al., Freeman, 6th Ed.,2006.

-Fundamentos de Bioquímica. D. Voet, J. Voet and C. Pratt, Artmed, Porto Alegre, 2000.

- Protein NMR Spectroscopy: Principles and Practice, Cavanagh et al., Academic Press, 1996.

- Principles of Fluorescence Spectroscopy. J.Lakowicz, Plenum Press, 1983.

- Determination of the helix and – form of proteins in aqueous solution by circular dichroism, Chen, et al. (1974). Biochemistry 13: 3350-3359.

Módulo II:

-Protein Sequencing and Identification Using Tandem Mass Spectrometry. M. Kinter and N. E. Sherman, 1999.

- Mass Spectrometry: Principles and Applications. E. De. Hoffmann and V. Stroobant. 1998.

- Electrospray Ionization Mass Spectrometry. R. Cole, 1997.

Módulo III:

- Protein Crystallography (Molecular Biology Series). T. L. Blundell and L. Johson, Academic Press, 1976.

- Crystallization of Biological Macromolecules. A. McPherson, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1999.

- Principles of Protein X-ray Crystallography. J. Drenth, Springer Verlag Publishing, 1999.

- Protein Crystalization Techniques, Strategies and Tips. T. Bergfors, Ed., International University Line, 1999.

Módulo IV:

-Molecular modeling: principles and applications. AR Leach, Prentice Hall, New York, 2001.

- Molecular dynamics simulations of biolmolecules. Karplus, M. and McCammon, J.A. (2002). Nature Struc. Biol. 9:46

- Implications of Protein Flexibility for Drug Discovery, Taegue, S. J. (2003). Nature Reviews: Drug Discovery 2: 527-541.

- Small Molecule Docking and Scoring, Muegger, I. and Rarey, M. (2001) Reviews in Computacional Chemistry 17, 1-60 (2001)

- A reviw of protein-small molecule docking method. Taylor, R. D. S, Jewsbury, P. J. S. and Essex, J. W. S. (2002). Journal of ComputerAided Molecular Design.

- Bridging the Protein Sequence-Structure Gap by Structure. 

Ano de Catálogo: 2018

Créditos: 4